UCSF Chimera(分子模擬軟件)v1.13.1官方版

UCSF Chimera是一款專(zhuān)業(yè)強(qiáng)大的分子結(jié)構(gòu)分析軟件。該款軟件提供了一個(gè)良好的可視化功能，可以用于分析密度圖、超分子組件、構(gòu)象整體、軌跡、對(duì)接結(jié)果和序列比對(duì)等操作，軟件內(nèi)置了豐富實(shí)用的分析工具模塊，同時(shí)還內(nèi)置了豐富的文檔供用戶學(xué)習(xí)。

功能特點(diǎn)：

1、強(qiáng)大的軸、平面和質(zhì)心功能，軸可以表示為圓柱體，平面表示為圓盤(pán)，質(zhì)心表示為球體，這些都可以用于距離和角度測(cè)量。
2、體積數(shù)據(jù):可以顯示三維電子和光學(xué)顯微鏡數(shù)據(jù)、x射線密度圖、靜電勢(shì)和其他體積數(shù)據(jù)。
3、b因子著色:可以對(duì)結(jié)構(gòu)著色以顯示屬性值
4、篩選分子對(duì)接
5、通過(guò)保護(hù)著色
6、卷平面顯示
7、旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體

軟件特色：

提供了一組有用的特性和清晰的界面。
在第一次啟動(dòng)應(yīng)用程序時(shí)，你會(huì)遇到一個(gè)幾乎太簡(jiǎn)單的主窗口，它只不過(guò)是一個(gè)可視化面板和一個(gè)緊湊的菜單欄，不像通常使用廣泛工具欄的其他分子分析工具。
因此，UCSF嵌合體犧牲了一點(diǎn)實(shí)用性，以便為分子分析提供一種無(wú)干擾的環(huán)境。它還有一個(gè)龐大的文檔部分，你應(yīng)該花一些時(shí)間來(lái)閱讀，因?yàn)樗梢詭椭憧s短學(xué)習(xí)時(shí)間的一半。
附帶了一套廣泛的可視化和分析工具
當(dāng)談到特性時(shí)，公用事業(yè)提供的東西比你想象的要多。首先，你應(yīng)該知道它可以產(chǎn)生高質(zhì)量的圖像和動(dòng)畫(huà)。它還附帶了一個(gè)序列查看器，它實(shí)際上使您可以查找、查看和編輯序列比對(duì)。
沒(méi)有過(guò)分復(fù)雜的事情，應(yīng)該提到的工具來(lái)支持交互式陰影，變形，Ramachandran圖和爆破蛋白。
分子分析的有力工具
您還應(yīng)該知道UCSF Cimeta使您能夠改變背景，即您可以將圖形窗口更改為單個(gè)顏色、多個(gè)顏色的垂直漸變，甚至從計(jì)算機(jī)加載圖像。
該實(shí)用工具帶有一個(gè)流線型的界面，一個(gè)龐大的文檔，教程和例子，可以幫助你馬上開(kāi)始。底線，UCSF嵌合體是一個(gè)強(qiáng)大的應(yīng)用分子分析，包裝許多有用的特點(diǎn)，而不感到害怕。

使用說(shuō)明：

通過(guò)點(diǎn)擊或雙擊嵌合體圖標(biāo)（取決于它的位置）來(lái)啟動(dòng)嵌合體。通常，這個(gè)圖標(biāo)將出現(xiàn)在桌面上。Cimela可執(zhí)行文件也可以從其安裝位置運(yùn)行。
將出現(xiàn)一個(gè)飛濺屏幕，在幾秒鐘內(nèi)由包含圖形顯示或最近使用的文件的快速訪問(wèn)列表的主嵌合體窗口替換（這并不重要，因?yàn)榇蜷_(kāi)一個(gè)結(jié)構(gòu)將自動(dòng)將顯示器切換到圖形窗口）。如果你喜歡，通過(guò)點(diǎn)擊并拖動(dòng)右下角來(lái)放大窗口。窗口也可以通過(guò)點(diǎn)擊它的頂部欄和拖動(dòng)來(lái)移動(dòng)。
打開(kāi)結(jié)構(gòu)
現(xiàn)在打開(kāi)一個(gè)結(jié)構(gòu)。從菜單中選擇文件ID ID獲取，并將1ZIK作為結(jié)構(gòu)的ID從PDB中取出。該結(jié)構(gòu)將出現(xiàn)在圖形窗口中，它是由兩個(gè)肽形成的亮氨酸拉鏈。
默認(rèn)的初始顯示是色帶。也顯示原子：
這顯示了結(jié)構(gòu)中的所有原子和鍵，除了肽鏈中的那些被絲帶顯示抑制。下面討論如何顯示用于顯示、著色等結(jié)構(gòu)的特定部分。最初，雜原子（碳以外的原子）由元素組成：氧原子、氮原子、藍(lán)色等。碳保持模型顏色，在這種情況下是棕褐色。
隱藏緞帶，露出骨架原子，然后再次展示緞帶