Sequencher是一款專業(yè)的DNA序列拼接和分析軟件,它可以和所有的自動序列分析儀一同工作,并且因為它的極速 Contig 組裝、很短的學(xué)習(xí)曲線、用戶友好的編輯工具,以及卓越的技術(shù)支持而眾所周知。
Sequencher內(nèi)含有多種拼接算法,還有功能強大的序列編輯工具,具有ORF分析、蛋白翻譯、酶切位點作圖、雜合子識別等分析功能??梢詰?yīng)用于雜合子和SNP的檢測和分析,cDNA到染色體DNA的大型間隙對準,比較排序,對置信評分的支持、ORF轉(zhuǎn)換、GeneBank特性化導(dǎo)入、以及限制酶映射等等,序列比對可直接用MEGA操作,編輯更方便,比對時間稍短。
功能特色:
1、SNP 檢測
使用 Sequencher 來進行比較對準以便鑒別和報告 SNP 以及突變。例如,調(diào)用第二峰..功能分析你的所有序列以尋找潛在的雜合子。你可以控制定義一個雜合子的嚴格度。你可以從一個雜合子跳到下一個,而僅僅需要在 Base View 里面按一下空格鍵。你還可以觀察一致及其參考序列的轉(zhuǎn)換。一致及其參考序列的區(qū)別會列在一個可導(dǎo)出的表格內(nèi)。參考序列確保從一個裝配到下一個裝配時,SNP 的數(shù)目保持一致。
2、序列裝配
Sequencher 的裝配算法可以將你的 DNA 片斷快速而又準確的裝配起來。自覺的工具允許你在數(shù)秒內(nèi)就可以設(shè)置好參數(shù)并且調(diào)整它們。你完全可以不顧方向的裝配序列。Sequencher 會比較前端和反轉(zhuǎn)補體方向來裝配最可能的 Contig。
3、序列編輯
Sequencher 能夠給你足夠的信心認為一個序列是絕對正確的。你可以只觀察一個序列的色譜圖,你也可以從前端或反方向同時查看多個對齊的色譜圖。 在你的已對齊數(shù)據(jù)中滾動是很容易的。你可以使用 Sequencher 的選擇工具來高亮不一致或者低質(zhì)量的區(qū)域。
4、自動分析
Sequencher 可對你的數(shù)據(jù)進行批處理,這個過程是透明、用戶可定義、可恢復(fù)的,并且 Sequencher 從不為了自動化的目的而破壞你科學(xué)結(jié)論的正確性。
當(dāng)你工作在多個序列時,Sequencher 可以:
調(diào)用第二峰
調(diào)整矢量
調(diào)整低質(zhì)量的尾端
創(chuàng)建一致序列
恢復(fù)到實驗數(shù)據(jù)
Sequencher 總是管理兩份數(shù)據(jù),一份編輯過的,一份則是原始的導(dǎo)入數(shù)據(jù)。當(dāng)你應(yīng)用“Revert to Experimental Data”命令到在你項目中已選定的序列或者在一序列中的選中部分時,你可以撤銷所有或者部分編輯動作。
自從 4.5 以后,Sequencher 就包含了一個新的自動化工具,“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”,你可以選擇片段名的一部分作為一個共享的標識符,或者說是“裝配句柄”。Sequencher 就可以將選擇和名字自動轉(zhuǎn)換為 Contig。例如,僅僅通過一個按鈕的點擊,你就可以將 90 個文件,45對前端和反向序列轉(zhuǎn)換成 45 個根據(jù)你的病人編號命名的 Contig。裝配參數(shù)的每個變化都會重組你的片段,因此你可以根據(jù)克隆編號、日期、引物,或者其他任何你記錄在序列名稱中的特征,來裝配 Contig。
5、矢量調(diào)整
自動排序器以基礎(chǔ)調(diào)用錯誤生成結(jié)果。從 DNA 庫克隆的序列通常包括矢量序列、polyA 尾,或其他不相關(guān)序列。內(nèi)含子和引物序列通常會和放大的外顯子序列側(cè)面相連。不調(diào)整的話,這些污染物會扭曲你的裝配和下游分析。 Sequencher 允許你調(diào)整低質(zhì)量或者含糊的數(shù)據(jù)。“Trim Ends”將令人誤解的數(shù)據(jù)從序列片段的尾部去除。“Trim Vector”將污染序列尾部的特定序列數(shù)據(jù)移除。“Trim to Reference”剔除超出裝配參考序列的序列尾部。
破解教程:
1、解壓安裝包,運行“Sequencher 5.4.5.exe”根據(jù)提示完成原程序的安裝
2、打開“AMPED”目錄,運行“SequencherServer.exe”,根據(jù)提示完成許可程序的安裝
3、安裝完成后,進入C:\Program Files (x86)\Gene Codes\Sequencher Server目錄,運行“Stop RLM Server.bat”停止服務(wù)
4、然后將“AMPED”目錄下的補丁復(fù)制入內(nèi),覆蓋源文件
5、覆蓋后運行“Start RLM Server.bat”,重新啟動服務(wù)
6、運行桌面快捷方式,彈出窗口點擊第二項“Activte Sequencher”
7、載入許可目錄下的“genecodes.lic”即可完成破解